A Associação muda-se para o Edifício Martinelli e logo depois para a Rua José Bonifácio, permanecendo em ambos os locais por curto período. Apresenta ao Poder Público o anteprojeto de Estatuto do Funcionário Público que define os direitos e os deveres dos Funcionários Públicos. Seus termos eram muito semelhantes aos que vigoram atualmente. O jornal bimestral "O Funcionário" passa a ser editado. Em setembro de 1934, a Associação inaugurou as instalações da "Colônia de Férias do Guarujá".

Eleito pelo Conselho Superior, antigo Conselho Deliberativo, ocupou o cargo durante curto espaço de tempo, sucedido por Administração Provisória que assumiu o comando até 1947, quando a Assembleia Geral declarou vagos os cargos da Diretoria, marcando novas eleições para o biênio 1948-49. Em sua gestão, a Associação passa a administrar a "Colônia de Férias do Guarujá", até então sob-regime de concessão.

Eleito em janeiro de 1950, José de Araújo Luso Júnior, manteve-se na presidência até 1979, período de fundamental importância para o desenvolvimento da Associação. Em 05 de novembro de 1951, a AFPESP alcança o êxito de adquirir a 1ª sede própria: o 16º andar do Edifício CBI, na Rua Formosa, ali permanecendo até 05 de novembro de 1975.

O Professor Nicolau Antonio Torloni assume o mandato em 04 de junho de 1998, exercendo-o até 2000. Durante seu mandato, são inauguradas as Unidades Regionais de São Carlos, Piracicaba e Peruíbe. Também entram em funcionamento a Unidade de Lazer Areado e a Farmácia, situada no saguão da Sede.

A partir de 2007, o desembargador aposentado, Antonio Luiz Ribeiro Machado, presidiu a AFPESP. Na administração da entidade, investiu em programas de modernização, muitos deles implantados nas áreas de controle financeiro, gestão de pessoas e tecnologia da informação. Seu mandato foi marcado pela expansão dos serviços associativos no interior, com as inaugurações das novas Unidades Regionais em Bragança Paulista, Piracicaba e Botucatu além das Unidades de Lazer de São Pedro, Termas de Ibirá e Itanhaém, esta última voltada aos associados que queiram curtir momentos agradáveis no Litoral sul.

Durante o triênio de 2019 a 2021, a AFPESP foi liderada pelo médico pneumologista Álvaro Gradim. Formado pela Universidade Federal de Uberlândia (MG), ingressou no funcionalismo público da década de 1970. Em sua gestão na AFPESP, priorizou a modernização dos processos por meio da tecnologia e da preservação do patrimônio dos associados, proporcionando inúmeras melhorias, como a implementação e atualização, em sua fase final, do Sistema de Gestão Empresarial ERP (nomenclatura em inglês para Enterprise Resource Planning) que envolve a sede administrativa e todas as unidades regionais e de lazer; além do lançamento do aplicativo AFPESP Digital para os associados. No decorrer do triênio foram entregues as Unidades Regionais de Taubaté, São José dos Campos, São Bernardo do Campo, Guarulhos e Bragança Paulista e as Unidades de Lazer AFPESP Peruíbe I e II, Amparo e São Lourenço. Além disso, a Unidade de Lazer AFPESP Fazenda de Ibirá foi reinaugurada após reestruturações, concretizando mais um marco para a história da entidade.