A Academia foi fundada em 30 de outubro de 2003, quando foram selecionados entre os associados artistas, escritores e pesquisadores. Composta por 60 membros, sendo 20 na Cadeira de Letras, 20 na Cadeira de Ciências e 20 na Cadeira de Artes. A Academia realiza sessões bimestrais, nas quais são apresentados trabalhos dos Acadêmicos sobre seus patronos, de acordo com cada especialização. Nas mesmas sessões, os membros trocam informações e divulgam seus trabalhos e pesquisas. Desta forma, a integração cultural entre os associados é amplamente difundida.
Na sessão bimestral o debate é cultural, no qual os participantes agregam informações sobre o patrono. Cada pesquisa apresentada equivale a uma monografia desse patrono. São trabalhos individuais, lidos e comentados. Os Acadêmicos também apresentam propostas para melhor divulgar seus trabalhos, bem como felicitam outros associados que produzem obras relevantes para o desenvolvimento cultural. A cultura compreende diversas artes e na Academia todas são representadas. Cada Acadêmico tem uma obra de destaque, que interfere no desenvolvimento educacional e cultural do País. Outro aspecto de relevância é que entre os servidores públicos do Estado, existem muitos intelectuais renomados, pesquisadores premiados e artistas consagrados.
A Academia reúne o grupo com mais destaque entre os servidores públicos do Estado, que se candidataram ao Sodalício. Na Academia, além das sessões bimestrais, são organizados os almoços, as atualizações dos currículos e recebidas as propostas e sugestões diversas de seus membros. Também há um canal de comunicação direto com o associado, através do jornal "Folha do Servidor Público" que, mensalmente, publica o perfil de 03 (três) acadêmicos e um texto (escritos pelos mesmos) que pode ser crônica, verso, prosa, poesia, etc.
O mais importante é que a Academia da AFPESP é uma das primeiras entre as entidades do funcionalismo público do Estado de São Paulo. Cuida de atividade cultural, que mostra ao público em geral, e ao funcionalismo em particular, a qualidade intelectual dos servidores públicos.